El 23 de febrer de 1984, amb el Dr. Eduard Jaurrieta, fa el primer trasplantament hepàtic amb èxit de l’Estat espanyol. L’any 1985, col·labora amb el Dr. Josep Bonnin de l’Hospital de la Vall d’Hebron i comença l’elaboració d’un programa de trasplantament hepàtic pediàtric pioner a l’estat. Aquest mateix any, Carles Margarit juntament amb Martinez-Ibañez realitzen el primer trasplantament pediàtric d’Espanya. El 1988, és nomenat cap clínic de la Vall d’Hebron, director de la Unitat de Cirurgia HBP i de Trasplantaments Hepàtics del centre i professor titular de Cirurgia de la Universitat Autònoma de Barcelona.
Poc després, el 1990, en equip amb els doctors Julio Astudillo i Ramon Charco, intervé en el el primer trasplantament de pulmó que es fa a Espanya. I, només dos anys més tard, novament, esdevé pioner en efectuar el primer trasplantament hepàtic 'split' de l’estat espanyol i que consisteix en el trasplantament d’un sol fetge a dos receptors, un adult i un infant.
Entre l’any 2001 i el 2004, Carles Margarit és president de la Societat Catalana de Trasplantament i membre de la Transplantation Society. Malauradament, en el moment àlgid de la seva carrera, mentre practica l'esqui, una allau sega la seva vida l'any 2005. Abans, ja és distingit per la Generalitat de Catalunya amb la Medalla Narcís Monturiol al mèrit científic (1986). Pòstumament, l’any 2006, se’l condecora amb la Medalla Josep Trueta. Poc després del seu traspàs, la Federación Nacional de Enfermos y Tansplantados Hepáticos crea els Premios Nacionales “Carlos Margarit”.